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Nicolas Sténon est né à Copenhague en 1638, dans une fervente famille protestante, son père était forgeron. Il entreprend des études universitaires humanistes et scientifiques ainsi que de médecine à partir de 1656, d’abord à Copenhague où il est le disciple de Thomas Bartholin et condisciple de Olaf Borsh. Il termine ses études à l’Université de Leyden où il est diplômé médecin. Il avait noué des relations amicales avec Spinoza (1632-1677) qu’il tenta plus tard de convaincre, en vain, de rejoindre avec lui la religion catholique.